本发明涉及一种磁悬浮分子泵转子极小位移主动控制方法。通过分析磁悬浮转子系统不平衡振动形成机理，建立磁悬浮转子系统的广义被控对象数学模型。基于线性自抗扰控制原理设计各通道控制器，将系统的不平衡振动视为一种外部扰动，利用线性扩展状态观测器对扰动进行实时估计并补偿，使得控制信号中叠加了幅值和相位合适的同频补偿信号以抵消转子不平衡激振力，实现转子绕几何轴高速高精度旋转，从而达到磁悬浮转子系统极小位移主动控制的目的。与传统控制方法相比，该方法参数调理简单，易于实现，能大幅减小位移信号中的转速同频分量，转子涡动半径小，旋转精度高，对提高磁悬浮转子系统性能和可靠性有重要意义。