本发明公开了一种具有容错能力的永磁起动发电系统及其控制方法，属于起动发电技术领域。系统包括双三相高阻抗永磁起动发电机、两组双向桥式功率变换电路、起动发电切换开关、蓄电池、直流负载、起动发电系统控制器、位置传感器、温度传感器，电流传感器、电压传感器。采用SVPWM技术控制系统运行于起动阶段和发电阶段。在电机发生匝间短路故障时，将故障绕组交轴电流给定信号置零并将直轴电流给定信号置为额定电流大小的弱磁电流，使得故障绕组进入弱磁状态，限制故障绕组的短路电流在额定电流附近，大部分功率输出由正常绕组承担，起动转矩平稳，发电控制简单，可靠性高，能有效限制短路电流，特别是匝间短路电流。