一种双伪卫星辅助校准惯性导航系统位置误差的方法，将惯导系统位置误差Δｘ，Δｙ、惯导系统与伪卫星之间不同步时间Δτ及伪卫星接收机钟差ΔＴ０作为待求变量；当载体开始接收到两颗伪卫星信号的时刻，根据惯导系统输出计算得到的惯导－伪卫星距离，简称计算伪距，将计算伪距与伪卫星接收机输出的测量伪距做差，求出伪卫星接收机钟差，作为伪卫星接收机钟差的初始估值；建立伪卫星接收机测量伪距与计算伪距之差，与所述待求变量之间的数学模型，利用最小二乘法估计所述待求变量；利用估计得到的状态向量，对惯导系统的位置信息进行校准后输出。本发明利用两颗伪卫星的信息校正了惯导系统的位置误差，提高了导航精度。