本发明涉及一种危险化学品销毁作业指挥控制系统及方法，其中，该控制系统是由远端指挥控制中心分系统和作业区的销毁设备在线控制分系统、销毁作业环境监控分系统和危险化学品分装作业分系统组成；本发明的控制方法是基于ＰＬＣ的流程控制，通过可编程逻辑控制器、串口服务程序、工业控件和软件固有的分层结构置入过程控制系统，与网络计算机结合采用混合控制系统，对重要过程点控制实施销毁作业。本发明采用远端指挥控制网络，实现对危险化学品销毁作业处理全过程的各信息要素的自动控制与指挥管理，使销毁作业指挥制式化，作业流程规范化，设备控制程序化，待销危险化学品数重量登统计准确化，安全管理科学化。