一种复合分层抗干扰控制器，涉及一类多源干扰控制系统的复合分层抗干扰控制器设计；该发明针对一类含有外部模型描述干扰、随机干扰和能量有界干扰的多源干扰控制系统。首先，构造降阶干扰观测器估计并抵消多源干扰控制系统中的外部模型描述干扰；其次，构造具有Ｈ↓［∞］和保成本性能指标的控制器，其中Ｈ↓［∞］性能指标抑制系统的能量有界干扰，保成本性能指标抑制系统的随机干扰，并能优化方差的上界；基于降阶干扰观测器、鲁棒Ｈ↓［∞］和保成本状态反馈控制器，构造复合分层抗干扰控制器；最后，基于凸优化算法求解复合分层抗干扰控制器增益阵列。本发明具有抗干扰性强、便于设计等优点，可用于航空航天器导航与控制系统等。