本发明公开了一种基于不完全观测的信息处理方法和系统，其中方法包括：根据二次监视雷达（ＳＳＲ）观测数据和广播式自动相关监视（ＡＤＳ－Ｂ）观测数据建立不完全观测异步模型；根据不完全观测异步模型将获取到的各传感器的异步观测数据转化为各传感器的同步观测数据；根据上一时刻的各传感器的同步观测数据预测当前时刻的各传感器的观测数据；对预测到的当前时刻的各传感器的观测数据进行最优融合估计，获取当前时刻的目标观测数据。系统包括模型建立模块、数据转化模块、预测模块和信息融合模块。本发明实现了异步多速率传感器测量数据到同步多速率传感器测量数据的转换，在考虑不规则测量数据丢失的情况下，有效地降低了误差，提高了观测数据的精度。