一种空域运行仿真中飞行流引擎的实现系统及方法，包括：航班流分布特征分析模块，用于确定航班流的要素信息，分析各要素的分布特征，确定相应的数据概率模型；航班流统计模块，用于根据航班流分布特征分析模块提供的航班流要素数据概率模型统计现行航班计划中各要素的取值情况，确定分布参数；航班流要素建模模块，用于根据航班流统计模块提供的数据分别建立现行航班计划中各要素的概率分布模型，并综合形成航班流建模模型；仿真求解航班流模块，用于在航班流要素建模基础上依据用户输入的仿真流流量等要求，仿真生成飞行流。本发明可提高飞行流数据生成的合理性和有效性，为保证仿真飞行评估结果的可靠性、提高仿真评估结果可信度创造条件。