本发明公开了一种基于ＴＩＳ－Ｂ的估计位置误差的计算方法和系统，基于ＴＩＳ－Ｂ的估计位置误差的计算方法，包括：根据目标位置测量点和系统误差建立估计位置误差圆，以目标位置测量点为中心，以随机误差分布所在的高斯椭圆的长轴、短轴为坐标轴建立直角坐标系；根据系统误差矢量和随机误差的高斯分布的协方差矩阵计算标准差值σ↓［ｍｙ］；当系统误差矢量与所述高斯椭圆的长轴在同一条直线上时，根据高斯椭圆被包含在估计位置误差圆内的积分概率计算变量因子值ｋ↓［０．９５］；对目标位置的实测值和目标位置的计算值的差值进行拟合，根据阻尼最小二乘估计理论估计得到修正因子值Δｋ；根据标准差值σ↓［ｍｙ］、变量因子值ｋ↓［０．９５］和修正因子值Δｋ计算估计位置误差值ＥＰＵ。本发明提高了数据精度。