本发明公布了一种基于坐标变换的径向主动磁悬浮轴承容错控制方法，属主动磁悬浮轴承容错控制方法。该控制方法是：首先根据径向主动磁悬浮轴承的结构对径向主动磁悬浮轴承的故障进行分类，对定子磁路影响相同的故障为同一类；然后针对每一类径向主动磁悬浮轴承故障挑选一种情况采用偏置电流线性化理论求解电流分配矩阵；然后采用该电流分配矩阵，采用基于坐标变换的径向主动磁悬浮轴承的容错控制方法即可实现这一类故障的容错控制。本发明减少了径向主动磁悬浮轴承容错控制中需要求解的电流分配矩阵的数量。