本发明涉及一种终端区飞行冲突解脱方法和系统。方法包括：采集进入终端区所有航班的信息，形成航班缓存队列，根据每个进港航班的预计降落时间对所述航班缓存队列进行进港排序处理，形成具有航班最优降落时间的进港航班序列；提取一个航班对，根据所述进港航班数据判断所述航班对是否存在飞行冲突，是则对所述航班对进行冲突解脱处理，获得冲突解脱策略，将所述冲突解脱策略添加到解脱策略序列中，否则将所述航班对添加到无冲突航班序列中；最后根据所述无冲突航班序列和解脱策略序列生成航班进港计划。本发明采用了冲突解脱与进港排序相结合，既提高了运行效率，又保障了飞行安全。