本发明涉及一种飞行流样本数据的获取方法，包括：根据航班标识从所述汇总数据文件中提取属于同一航班的数据，形成航班数据集合；根据航班数据集合中各航路点和航班经过各航路点的时间信息，对航班数据集合中的重复航路点进行归一化处理；对航班数据集合中的航路点进行时间排序获得航路点序列，对航路点序列进行提高航迹精度的重采样处理；输出作为飞行流样本数据的数个航路点序列。本发明通过对重复航路点进行归一化处理，有效消除了原始数据信息冗余造成的信息误差，通过对航班数据集合进行重采样处理，有效消除了原始数据信息丢失造成的信息失真。本发明获得的飞行流样本数据准确性高、航迹精度高，可以真实地反映空中交通运行状况。