本发明公开了一种电离层延迟误差的获取方法及系统。该方法可获得参考站所有的参考站穿透点的电离层误差序列和误差限值，并直接发送给用户，由用户根据用户穿透点及接收到的参考站穿透点的电离层误差序列和误差限值获得用户穿透点的电离层延迟误差。同时，本发明还公开了一种电离层延迟误差的获取系统。本发明可有效减少电离层校正数据的处理和运算量，提高电离层延迟误差的获取精度，同时也提高了导航系统的可靠性，特别适用于多星座组成的导航系统中。