本发明公开了一种基于Ｂａｙｅｓ规则的误码率测试系统，该误码率测试系统由时钟单元、ｍ序列发生器、输出信息单元、接收信息单元、序列同步及门限检测单元、误码统计单元、误码率估算单元、位同步时钟提取单元、本地ｍ序列发生器组成。本发明基于Ｂａｙｅｓ规则的误码率估计算法，使用统计置信度原理来估计误码率的范围，同时用后验概率分布替代正态分布来近似真实误码率的统计模型，实时计算误码率的后验分布，能够根据实际测得的误码点数准确、有效地对误码率进行估计，选取出最佳的测试时间。满足在全光纤数字测斜仪的实际工程应用中，需要在尽量短的时间内以期望的置信度估计出其通信系统的误码率的要求。