本发明公开了一种飞机整机电磁兼容数字化模型系统，包括有建立飞机参数化曲面模型单元（１）、机载设备位置匹配单元（２）、机载设备间干扰关联单元（３）、电磁环境分布单元（４）和敏感设备干扰源获取单元（５）。本发明一种采用行为级仿真的方法，应用“灰盒”理论，从系统级角度，关注机载电子设备的特征参量，忽略各具体电路细节，对飞机机载电子设备进行数字化建模仿真，从而构建飞机整机电磁兼容数字化模型系统。