本发明公开了一种适用于二位置寻北仪的主轴机构，该主轴机构由主轴组件（１）和驱动组件（２）组成，主轴组件（１）的主轴套（１１４）的上端盖（１１８）与二位置寻北仪的转动体（３）连接；主轴组件（１）的主轴（１０１）的下端面（１１９）通过螺钉固定在驱动组件（２）的Ｂ连接套（２０４）上。本发明主轴机构通过采用预应力结构和热对称结构将二位置寻北仪的惯性测量单元部分垂直支撑并可进行转位和位置保持，以便于测量，由于具有预应力结构和热对称结构，使主轴机构能够在振动和变温环境下加以保持，位置恒定，保证了寻北仪的寻北准确度。