本发明提供了一种月基恒温层地下真空飞行轨道交通系统，真空飞行轨道交通系统设于月球的恒温层处，真空飞行轨道交通系统包括第一车站、第二车站、隧道、第一电磁装置、第二电磁装置、磁悬浮装置和车厢，隧道连接第一车站和第二车站，且隧道为真空环境，第一电磁装置设于第一车站，第二电磁装置设于第二车站，磁悬浮装置设于隧道的内壁，磁悬浮装置对车厢施加克服重力的磁浮力，以使车厢处于悬浮状态；第一电磁装置对车厢施加电磁力，以使车厢自第一车站向第二车站移动；第二电磁装置对车厢施加电磁力，以使车厢停在第二车站。通过上述设置，有利于真空飞行轨道交通系统进行较高效率的交通运输，同时，适宜的温度有利于人类进行搭乘。