本发明公开了一种校车变速箱空档保护方法，该保护方法包括以下步骤：司机在准备发动车辆时，首先检查变速箱的档位是否处于空档状态，当司机遗忘将变速箱的排档操纵杆未挂到空档位置时，直接插入车辆钥匙，经过变速箱空挡保护系统，发动机将无法正常启动，并将在仪表位置产生声光报警，提示司机将档位挂入空档，再重新启动发动机；当车辆结束行驶后，司机通过将档位挂到空挡位置再通过发动机点火钥匙或着直接通过发动机点火钥匙的两种方式，直接熄灭发动机；本发明避免变速箱的排档操纵杆未挂到空档位置，就直接启动发动机；这样容易造成，整车会在启动的过程中产生猛烈的前后晃动，而车内学童在车厢晃动中，产生擦伤碰伤的问题。