一种基于空间光调制器的低栅瓣多波束扫描方法及系统，涉及光学扫描领域，尤其涉及光学相控阵式多波束的扫描。所述系统包括：光束经过空间光调制器的相位调制后，经透镜聚焦后在透镜焦平面上产生多个焦点，通过控制空间光调制器所加载的相位阵列可以改变焦点在焦平面上的位置以实现二维扫描。本发明利用一种周期性非均匀分配像素的方式对空间光调制器所加载的相位阵列进行控制，能够有效的降低由于空间光调制器像素尺寸过大而产生的栅瓣并提高光学利用效率。