本申请公开了一种用于控制车辆车窗运行的方法及系统及车辆，该方法包括：预设车窗每运行单位距离L时，产生对应的霍尔信号个数，当车窗以速度V1运行时，获取所产生的总霍尔信号个数，当总霍尔信号个数在预设的霍尔信号个数范围值之内时，即，车窗此时处于预设的需要减速运行的位置，则控制车窗以速度V2运行，当总霍尔信号个数在预设的霍尔信号个数范围值之外时，即，车窗处于预设的需要减速运行的位置之外，则控制车窗以速度V1运行，其中，V2＆lt;V1。本申请在车窗运行至车门窗框顶部或底部的指定区域时，降低车窗的运行速度，进而使车窗运行至顶部或底部时，能够柔和停止。