本发明公开了一种异构多源数据重构瞬态可靠处理方法，包括：FPGA动态区状态判断；FPGA静态区建立BRAM实现对重构瞬间数据的缓存；在重构完成后，FPGA动态区向静态区发送询问帧，询问帧中包括该动态区在FPGA芯片内部物理区域的坐标和在该动态区上运行的重构代码的功能ID；FPGA静态区解析动态区发送的询问帧，并返回应答帧，应答帧中包括重构瞬间缓存在BRAM中的数据。本发明公开的方法能够解决由于FPGA动态区出现故障或者功能切换导致的动态区重构时出现的动态区与静态区之间的数据交互出现中断的问题，提高异构多源数据处理的可靠性。