本发明提供了一种船舶再生制动能量的控制系统，其特征在于：包括能量分配模块、供配电检测模块、超级电容器、第一双向DC/DC变换器、蓄电池、第二双向DC/DC变换器和直流母线。本发明还提供一种船舶再生制动能量控制系统的控制方法，其特征在于：当船舶制动时，能量分配模块能根据超级电容器和蓄电池当前的剩余荷电量来对再生制动能量的功率进行分配，并根据分配后的蓄电池吸收能量的功率P_bat和电容器吸收能量的功率P_sc，控制2个双向DC/DC变换器将再生制动能量的低频分量和高频分量分别传输给蓄电池和超级电容器进行吸收储存。采用本发明所述的控制系统及方法来对船舶再生制动能量进行吸收利用，能源利用充分，减少能源浪费，节约船舶运营成本。