本发明提供靛红衍生物在制备抗SARS的药物中的应用，其中所述靛红衍生物具有如下结构通式：其中，R1选自H、卤素、C1～C8的烷基、C1～C8的烷氧基、硝基、NRaRb、羟基、CONRaRb或COORb，其中Ra和Rb各自独立地选自H或C1～C4的烷基；R2选自H、C1～C8的烷基、-CH2Rc，其中Rc是取代或未取代的C6-C12的芳基。本发明提供的靛红衍生物具有抑制SARS冠状病毒主蛋白酶的活性，其中一个优选的化合物的IC50值低至0.4μM。