本发明公开了黄芩黄酮抗甲型流感病毒亚型感染的应用，以及黄芩素、黄芩苷及黄芩总黄酮提取物在制备抗流感病毒甲型新型Ｈ１Ｎ１、甲型Ｈ１Ｎ１和Ｈ３Ｎ２亚型的药物和卫生用品的应用。将黄芩素、黄芩苷及黄芩总黄酮提取物中的活性物质与药剂学上允许的赋形剂混合，制成患者可接受的制剂和卫生用品，临床上用于甲型新型Ｈ１Ｎ１、甲型Ｈ１Ｎ１和Ｈ３Ｎ２亚型流感的治疗和预防，疗效显著，安全性好。