本发明公开了一种对MERS冠状病毒具有中和活性的小分子抗体及其应用。该小分子抗体Nano‑Anti‑MRBD是如下(a)或(b)或(c)的蛋白质：(a)由序列表中序列1所示的氨基酸序列组成的蛋白质；(b)将序列表中序列1的氨基酸序列经过一个或几个氨基酸残基的取代和/或缺失和/或添加且具有相同活性的由(a)衍生的蛋白质；(c)基于序列表中序列1所示的氨基酸序列进行人源化改造的由(a)衍生的蛋白质。间接ELISA实验表明，小分子抗体Nano‑Anti‑MRBD与MERS冠状病毒RBD具有很好的反应性；中和试验表明，小分子抗体Nano‑Anti‑MRBD对MERS冠状病毒具有良好的中和活性。