本发明提供一种自清洁无人船，包括无人船本体、控制器、设于无人船本体的进水装置和自动清洁装置，所述自动清洁装置包括设于无人船本体两侧的浮筒、设于浮筒附近的高压喷头、与浮筒连接的浮筒升降装置，所述进水装置用于从无人船本体所处水体中抽水至所述自动清洁装置的高压喷头，所述控制器用于控制浮筒升降装置将浮筒下降使无人船被抬离水面，或将浮筒上升使无人船浮在水面，还用于控制高压喷头对无人船本体和浮筒进行清洗。本发明还提供一种自清洁无人船自清洁方法。本发明可以自动控制清洗无人船，代替传统人工清洗作业，使用方便、可靠度高、清洗彻底，而且在采水任务结束前可以多次对船体进行清洁，清洁效率高。