本发明的目的在于提供一种带燃料电池的双轴式船舶混合动力系统，包括柴油机、气体机、燃料电池、蓄电池，气体机连接第一可逆轴带电机，第一可逆轴带电机连接齿轮箱，柴油机连接第二可逆轴带电机，第二可逆轴带电机连接齿轮箱，齿轮箱分别连接两个螺旋桨，液化天然气罐与气体供给装置相连，气体供给装置连通气体机以及燃料电池，燃料电池、蓄电池、船舶负载、逆变器、整流器均与配电板电连，逆变器通过变频器与第一可逆轴带电机和第二可逆轴带电机相连，第一可逆轴带电机和第二可逆轴带电机与整流器电连。本发明可以满足船舶在各种环境和工况下的需求，进一步提高了气体机、柴油机、可逆轴带电机的运行效率，有效降低了发动机的燃料消耗和排放。