本发明的目的在于提供一种带燃料电池的柴气电混联式船舶混合动力系统，整个系统由柴油机、气体机、发电机、电动机、燃料电池、蓄电池、永磁耦合器、离合器、齿轮箱、螺旋桨、天然气存储供给装置、逆变器、变频器、整流器、配电板组成。柴油机和气体机通过永磁耦合器与齿轮箱相连，两台电动机和发电机通过离合器与齿轮箱相连，齿轮箱中带有两个离合器，电力源包括燃料电池和蓄电池。本发明所采用的多种能量形式的布置可以满足船舶在各种环境和工况下的需求，进一步提高了柴油机、气体机、电动机的运行效率，有效降低了发动机的燃料消耗和排放，同时改善了船舶的动力响应，而且系统的适用范围广泛。