本发明公开了一种多功能水下航行器，包括水下航行器本体和控制平台，水下航行器本体包括主体，主体上设置有电源、带载平台、MCU、通信模块、陀螺仪、加速度计和若干电机带动的旋翼，带载平台上设置有若干作业设备，通信模块、陀螺仪、加速度计以及作业设备均与MCU连接，电机通过电调连接MCU，电源为各模块供电，通信模块与控制平台通信。同时也公开了该水下航行器的控制方法。本发明的水下航行器设置有带载平台，可承载多种设备；同时在控制中加入抗干扰前馈控制算法，可消除设备对水下航行器平衡造成的影响，满足多功能的需求。