本实用新型针对现有技术中落入到航道内的金属会沉积在航道的底部金属无法清理出来，且杂草等需要人工从水中捞出，打捞时杂草会遗留在水道内对水体造成二次污染的问题，提供一种防止二次污染的船舶航道清理装置,包括架体、底座、连接装置、网兜、磁铁以及翻挖装置，底座通过连接装置设置于所述架体的前端，翻挖装置包括钩扒以及翻挖头，钩扒包括连接杆和钩扒头，连接杆的一端与架体固定连接，另一端设置钩扒头，采用本实用新型提供的船舶航道清理装置，可以一次性将河体内的磁铁和杂草清理干净，不会造成二次污染，也无需人工去谁中清理杂草，降低了劳动强度，也防止了打捞作业造成的二次污染。