本发明涉及基于协同云控制的多无人船编队协同控制系统及方法，该方法包括：通过岸基控制系统与协同云控制系统建立云岸连接，基于云岸连接岸基控制系统与协同云控制系统通信，以获取岸基控制系统对无人船编队的控制信息以及无人船编队状态信息；通过协同云控制系统与无人船编队建立云船连接，基于云船连接发送协同云控制系统对无人船编队的控制指令以及获取无人船编队的状态信息。本发明基于协同云控制系统，采用分布式计算方法，调用多台云端服务器，充分利用有效资源，提高了计算能力；提高了无人船编队调度控制精度和及时性，有效地防止无人船编队发生碰撞；且多无人船同时作业，提高了作业速度及作业效率。