本实用新型提供了一种混合动力船舶动力系统，包括永磁同步电机、船外机、燃油发动机、同步带、单向轴承、传动轮和电池组，永磁同步电机输出端通过同步带传动连接船外机，燃油发动机输出端通过单向轴承传动连接传动轮，燃油发动机的传动轮通过同步带传动连接船外机，永磁同步电机电连接电池组。BMS输入端连接电池组，BMS信号输出端连接控制器信号输入端，控制器信号输出端连接电压检测模块信号输入端，电压检测模块信号输出端连接燃油发电动机的自启动控制箱；电池组电力输出端连接控制器电力输入端，控制器电力输出端连接永磁同步电机电力输入端。本实用新型结构设计巧妙，方便切换动力模式，并在电池组充电时不影响船外机的使用。