本发明公开一种用于两冲程缸内直喷重油发动机的电磁脉冲喷射泵及其控制方法，包括驱动部分、柱塞部分与喷嘴部分；驱动部分为由永磁体和线圈构成的音圈电机，为燃油加压提供动力。柱塞部分中，柱塞和音圈电机采用整体设计，同时增加高压油腔供油通道数目，保证燃油流量的充足。喷嘴部分中，喷嘴采用旋流油道设计，加强燃油雾化性能，改善发动机燃烧品质。音圈电机采用正反向电流控制策略，并将驱动电压经DC‑DC升压变换电路提升至48V，缩短喷油周期，保证发动机高速运转时供油充足可靠。本发明电磁脉冲喷射泵由发动机ECU通过控制电路控制喷射泵的行为。本发明可以显著改善发动机的燃烧品质，尤其是二冲程重油发动机燃烧品质，提高发动机性能。