本实用新型公开了一种应用于波浪能自主航行器的薄壁复合材料仪器舱，属于波浪能自主航行器技术领域，包括：仪器舱盒体、盖板、气密座、气密螺钉组件及夹板条；盖板安装在仪器舱盒体的开口端，并将其开口封闭；盖板与仪器舱盒体通过夹板条压紧固定；气密座固定在盖板对应的安装孔中，且气密座的轴向通孔与仪器舱盒体的内腔相通；当需要检查仪器舱的密封性时，气密座通过所述轴向通孔连接外部的气密检测装置，当不需要检查仪器舱的密封性时，气密螺钉组件安装在所述轴向通孔中，用于对仪器舱的密封；本实用新型具有重量轻、耐腐蚀性好、密封可靠以及操作简单的特点。