本发明公开了一种带有永磁式抱轴轴带发电机的船舶轴系校中工艺，包括：S1依据轴系校中计算书计算理论值。S2将永磁体从永磁式抱轴轴带发电机的转子轴上暂时移除，先将此时的轴系状态调整到满足轴系校中计算书上的没有永磁体的轴系状态，然后调整永磁式抱轴轴带发电机的定子端位置使得定子端的中心线和转子轴的中心线一致。S3将永磁体装到转子轴上，微调永磁式抱轴轴带发电机的定子端并使轴系状态满足轴系校中计算书上的最终轴系状态。既保证了船舶轴系的安装质量，又节约了船厂的施工成本，同时还缩减了船厂的造船周期。