本发明公开一种具有抗菌生物活性MoO3‑SiO2纳米晶复合涂层的制备方法，涉及双阴极等离子溅射沉积和离子氧化复合工艺以及涂层材料的结构设计与选材领域；本发明采用的双阴极等离子溅射沉积技术参数为：靶材电压800V~1000V,工件电压250V~350V，靶材与工件间距10mm~20mm,工作气压25Pa~40Pa，沉积温度750℃~950℃，沉积时间3.0h~5.0h；采用的离子氧化工艺参数为：靶材电压650~750V，工件电压250V~350V，靶材与工件间距10mm~20mm，工作气压25Pa~40Pa，O2分压0.1Pa~1.0Pa，氧化试剂1.0h~2.0h；工件材料为海洋船体用各类不锈钢；本发明方法制备的MoO3‑SiO2纳米晶复合涂层具有高硬度、高韧性以及优异的腐蚀抗力和抗微生物腐蚀能力，能明显提高用于海洋船体用各类不锈钢的耐磨性、抗腐蚀性能和抗菌性能。