本发明提供一种船舶轴系安装方法，其包括如下步骤：照光前将中间轴、齿轮箱、主机吊装进舱就位；轴系带设备照光对中，定位安装艉轴管，初定位中间轴承、齿轮箱及主机的位置，并进行轴系的连接安装工作；校核轴承负荷，测量艉轴管前轴承、中间轴承和齿轮箱后轴承的支反力，与计算结果核对验证，精确定位齿轮箱及主机；最后将中间轴承、齿轮箱、主机安装完毕。本发明方案首次发明了带设备进行照光的方法该方法取代了传统的法兰对中方案，使检查设备安装更为直观，提高了设备对中定位精度。在船台阶段提前初步定位了齿轮箱、主机及中间轴承，并进行了连轴，简化了轴系安装的步骤，节约水下设备定位时间，节约船坞周期。