本发明公开了一种小型水下仿生扑翼驱动装置，由驱动轴、密封头帽、密封壳体、尾部密封帽、绝对编码器、驱动电机组成；驱动电机通过电机支架固定在密封壳体内并与驱动轴固连，驱动轴伸出密封头帽圆孔与所驱动的扑翼连接。旋转密封件和挡板及挡圈位于驱动轴前端的密封头帽内；轴承和轴承挡板沿着驱动轴轴线安装在密封头帽内，使得驱动轴不可轴向移动。绝对编码器和挡圈安装在密封头帽上，绝对编码器导线从绝对编码器挡圈的缺口处引出。密封头帽与密封壳体固连，电缆与驱动板连接，尾部密封帽与密封壳体固连。驱动装置结构简单、质量轻，可通过控制仿生扑翼的扭转角度、拍动速度、拍动位置得到高效率的推进方式，并实现水下机动。