本发明公开了一种基于驳船或码头的船舶压载水处理系统及处理方法，包括设于船舶上的海水箱和压载舱；所述海水箱与压载舱之间具有打压载管路和排压载管路；所述打压载管路中设置有至少一套处理装置，所述处理装置通过第一软管和第二软管连接于打压载管路中；所述处理装置固定于码头或驳船上。本发明提出的一种基于驳船或码头的船舶压载水处理系统在船舶上不安装压载水处理装置，船舶上压载水的处理利用布置于码头或者驳船上的处理装置，减少了船舶的造价，减轻了船舶的重量，提高了处理装置的利用率，减少了船上处理装置工作发电机提供电能期间对于环境的污染。