本发明涉及远程遥控技术领域，具体涉及一种利用卫星对船舶进行遥控的方法、系统及存储介质，其方法包括：输入控制指令，将控制指令转换为对应的控制编码数据后，再将该控制编码数据通过卫星传输至船舶中；根据控制编码数据驱动船舶航行；在船舶航行的同时，获取船舶的航行状态信息，并将该航行状态数据转换为对应的状态编码数据；根据状态编码数据对船舶所接收到的控制编码数据进行校正，并根据校正后的控制编码数据继续驱动船舶航行；本发明能根据海面情况对船舶的航行状态进行调整，有效地避免船舶偏离预定航路，其能很好地适应远航的使用环境。