本发明旨在提供一种安全可靠且操作管理简单的船舶甲醇舱柜惰化系统及方法。本发明包括依次连接的输入模块、甲醇舱以及输出模块，所述船舶甲醇舱柜惰化系统还包括依次连接的氮气供应设备、减压止回阀、电磁阀以及截止止回阀，所述截止止回阀的输出端与所述甲醇舱连通，所述甲醇舱内设置有与所述电磁阀电性连接的第一氧气浓度传感器，当所述甲醇舱内的氧气浓度大于预设值时所述第一氧气浓度传感器反馈电信号使所述电磁阀启动，所述甲醇舱上设置有压力真空阀。本发明应用于惰化系统的技术领域。