本发明公开了一种用于船舶吃水测量的系统及其使用方法，包括无人艇系统和移动终端，无人艇系统包括船体、中控器、控制器、定位装置、电源装置、驱动装置、拍摄装置和无线通信装置，移动终端包括第二通信装置、处理器、显示屏、存储介质和操作系统，无人艇系统通过无线通信装置与第二通信装置连接和移动终端相连接，移动终端将启动指令发给无人艇，无人艇根据组合操控指令依次执行航行至目标船舶水尺附近，自动识别并锁定水尺标志并拍摄，分析拍摄的吃水图像，多次重复分析得到船舶相同部位的吃水，计算平均吃水以消除水面波动的影响。本发明通过无人艇系统与移动终端配合使用，简化船舶吃水计量的操作流程，提高操作的便利性和吃水计量精度。