本发明提供的是一种混合动力船舶的功率与能量控制方法。混合动力系统的分层控制架构分为执行层、中间层和决策层；决策层决策得出各发电设备的输出功率；当中间层未能按时接收到决策层下达的功率指令时，转为由中间层和执行层联合控制，等恢复后再由进行船舶动力系统的全系统层面的的优化；中间层的输出功率调节控制器对发电设备的输出功率进行反馈调节；母线电压恢复控制器生成电压偏差校正项，并输出至执行层的下垂控制器中；执行层触发下垂系数自调节功能，对发电设备的下垂系数进行调整；执行层控制发电设备及其变换器实现对各发电设备输出功率的调节。本发明仅需要采集电力系统的部分必要信息即可实施对电力系统运行中的经济环保的优化管理。