本发明公开了一种舰船燃料电池混合推进系统和能量控制方法，以燃料电池和蓄电池组混合作为推进系统的动力源，能源管理模块、混合动力源和推进系统模块连接形成混合推进系统。在舰船航行过程中，当舰船需求功率处于燃料电池最佳功率区间时，由燃料电池为推进系统模块供电；当舰船所需功率大于燃料电池最佳功率区间时，燃料电池和蓄电池组共同为推进系统模块供电；当燃料电池故障或原料不足时，蓄电池组为船舶进行应急供电。本发明能够实现真正意义上的无污染、零排放，并将能源利用达到最优化。