本发明提供一种用于工程船舶间的无线联锁施工系统及其应用方法，包括若干工程船舶单元，每个工程船舶单元包括无线通讯模块、施工模块以及根据无线联锁信号控制施工模块运转的控制模块。联锁信号发生中断时，控制模块的诊断子模块对中断联锁信号类型进行判断，施工控制子模块根据诊断子模块的判断结果向施工模块发出相应的终止、降速、继续施工的指令。本发明通过无线通讯模块间的控制信号联锁在相邻工序的工程船舶之间建立了施工工序的联锁，与现有技术相比，这种方式提高了作业信息传递的实时性，降低了安全隐患；控制模块间的施工工序信息通过联锁信号进行传输，从而保证了联锁信息的准确性；此外，还降低了船员的劳动强度，节省了人力资源。