本发明采用的技术方案是：一种基于氢燃料电池的水电站船闸通航船舶拖曳系统，其特征在于包括通航船舶、水下电磁吸盘、氢燃料电池潜艇式拖曳船；氢燃料电池潜艇式拖船位于水下，氢燃料电池潜艇式拖船上表面固定设置有水下电磁吸盘；所述水电电磁吸盘通电后吸附于通航船舶底面，氢燃料电池潜艇式拖曳船带动通航船舶在水中移动。本发明对电站船闸降低柴油机噪声污染和设备节能降耗、减少对库区环境的污染、提高通航效率、实现水电站船闸通航的零排放具有重要意义。