本发明涉及船舶冷却系统技术领域，公开了一种自流式冷却系统及其控制方法，自流式冷却系统包括可升降地安装于船体底壳的自流发生器和设于自流发生器内的进水流道，自流发生器的下端部可外伸出船体底壳，自流发生器下端部的前侧为迎流面，进水流道的进水口开设于迎流面。本发明提供的自流式冷却系统，自流发生器伸出船体底壳的高度可调，系统能够根据冷却海水流量的实际需求实时控制调整自流发生器的伸出高度，实现自流冷却海水的主动调节匹配供应，不但减轻了被动节流方式下调节装置振动、系统噪声偏大的问题，同时在自流发生器非完全伸出的状态下能够有效减小自流发生器对船体产生的拖曳阻力。