本发明公开了一种基于马格努斯效应的分离圆柱式减摇装置，属于船舶减摇领域。包括电动机、电动机轴承、万向节、直线轴承、两个半圆柱、端板，所述两个半圆柱一端由端板连接在一起，电动机一端连接电动机轴承的一端，电动机轴承的另一端连接万向节的一端、万向节的一端连接直线轴承的一端，直线轴承的另一端连接半圆柱的一端，电动机转动带动半圆柱转动。本发明通过电动机来驱动两个半圆柱旋转，两个半圆柱旋转使该减摇装置产生压力差，从而产生升力，在船舶两侧各安装一个该减摇装置，所产生的力矩可以抵消船舶横摇力矩，从而达到减摇效果，并且两个半圆柱中间有一定间隙，能够起到分流作用，减小阻力，提高升阻比，可以提高减摇效果。