本发明涉及一种浸入式双泵纵倾平衡系统，包括船艉水舱和船艏水舱，船艉水舱和船艏水舱之间通过总管连接，总管的两末端分别连接有第一水泵和第二水泵，总管的两端分别并联连接有第一支管和第二支管，所述第一支管和第二支管的末端分别连接至船艉水舱和船艏水舱，所述第一支管上设有第一阀门，所述第二支管上设有第二阀门；所述总管的中部设有流量计。船艉水舱和船艏水舱顶部分别通过管路连接至旋塞阀，所述管路上还设有消音器。本发明有助于提升调水效率，调水速度快且调水精度高，也不受设备长度限制，适用于中型排水量的深海设备。