本发明公开了一种大扭矩啮合型船用主轴连接法兰结构及加工方法，连接法兰结构用于船舶艉轴连接；连接法兰结构包括第一法兰盘、第二法兰盘、紧固件；第一法兰盘和第二法兰盘的结构相同，二者相对布置的一面设有沿圆周均布的若干个扇形凹凸结构，第一法兰盘和第二法兰盘通过均布的扇形凹凸结构进行机械对接；第一法兰盘和第二法兰盘的扇形凹凸结构上设有沿圆周均布的螺栓孔，紧固件通过上述螺栓孔将第一法兰盘和第二法兰盘连接成整体。本发明中扇形凹凸结构主要承受轴系的扭矩和推力，螺栓主要承受螺旋桨的推力，对套筒的力学性能和安装精度要求大大降低，实现起来更加容易。