本发明涉及船舶建造技术领域，公开了一种船舶双层底分段建造方法，主要步骤为：绘制布桩线、分段中心线以及端边线；标记第一分区线和第二分区线，以使各桩柱划分为未变形区域、第一反变形区域和第二反变形区域；测量第一反变形区域的第一宽度和第二反变形区域的第二宽度；得到第一反变形区域内和第二反变形区域内的各桩柱的支撑高度；将内底板和外板对准放置于各桩柱上，装配成船舶双层底。可针对类似的分段结构按照一定比例进行反变形，通用性强，且在不同的反变形区域内调整对应所述桩柱的支持高度，使其符合在装配焊接过程中变形的规律，实现在装配过程中控制双层底的内底面的平面度。